یکی از ویتامین های مهم برای تثبیت تعادل سیستم ایمنی و پیشگیری از تولید اتو آنتی بادی ها، ویتامین D می باشد. ویتامین D یک پروهورمون با فعالیت های آنتی پرولیفراتیو، متمایز کننده و سرکوب کننده ایمنی می باشد. ویتامین D تعدیل کننده مؤثر ایمنی بوده و قادر به مهار پیشرفت بیماری‌های خود ایمنی از جمله آرتریت و MS است. کمبود این ویتامین با بیماری‌های خود ایمنی هاشیموتو در ارتباط است. بیش از 90% مبتلایان به بیماری خود ایمنی تیروئید دارای نقص وراثتی در متابولیسم ویتامین D هستند. ویتامین D برای کمک به تنظیم حساسیت سیستم ایمنی و محافظت علیه اتو آنتی بادی ها، همره با سایر عوامل تغذیه ای کار می کند.