مثالی از واکنش ایمنی به غیر از واسطه IgE به غذا سندرم انتروکولیت ناشی از پروتئین غذاییfood protein–induced enterocolitis syndrome (FPIES) است. هر چند این موارد نادر هستند، اما در نوزادان دارای تغذیه فرمولا دیده می شود و در حدود 6 ماهگی بروز می یابد. معمولا شیر گاو و یا شیر بر پایه پروتئین سویا عامل آن است. واکنش به شیر گوسفند یا بز و یا غذاهای جامد دیگر کمتر معمول است، اما ممکن است که اتفاق بیفتد. واکنش با استفراغ فوری و پس از آن اسهال و درد شکم همراه است. در موارد مزمن، ممکن است اختلال رشد نیز دیده شود.گاهی FPIES در برخی نوزادان دارای تغذیه با شیر مادر نیز دیده می شود که احتمالا به این دلیل است که پروتئین های رژیم غذایی مادر به شیر وی نفوذ کرده اند. آنتی بادی های  IgE خاص غذا ارزش تشخیصی ندارند و تایید FPIES از این جهت چالش برانگیز است که مانند اختلالات التهابی دستگاه گوارشی GI می باشد.

نوزادانی که از فرمولا تغذیه می کنند باید به فرمولا  با کازئین (EHF) به شدت هیدرولیز شده تغییر رژیم دهند. اگر نتوانند این فرمولا را تحمل کنند ، ممکن است یک فرمولای المنتال (حذفی ) نیاز داشته باشند. نوزادانی که شیر مادر به آن ها داده می شود باید به همین رژیم ادامه دهند و مادران باید از شیر گاو و سویا و غذاهای مشکوک دیگر در رژیم غذایی خودداری کنند.  FPIES در 2 سالگی برطرف می شود.